Sienet aiheuttavat useimmat puuainemuutokset sekä kasvaville puille että hakatulle puutavaralle. Lisäksi hyönteiset, kuten kaarna- ja tikaskuoriaiset, levittävät sieniä iskeytyessään puutavaraan. Harmittomimpia sieniä puuaineen laadun kannalta ovat hakatussa puutavarassa esiintyvät homesienet. Ne muodostavat rihmastoja puun ulkopinnalle ja katkaisukohtiin.
Värivikaa aiheuttavat sienet ovat hakatun puutavaran ongelma. Ne eivät yleensä tuhoa soluseinämiä, eivätkä näin ollen heikennä puuaineen rakennetta. Värivika alentaa laatua lähinnä saha- ja vaneritukeissa sekä kuusihiomopuussa. Lahottajasienet hajottavat puuainetta, kuituja tai muita puun rakenneosia siten, ettei puu aina kelpaa aiottuun käyttökohteeseen. Lahoaminen vaikeuttaa myös tuotantoprosessia sekä heikentää lopputuotteiden ominaisuuksia ja laatua. Lahottajasieniä on kahdenlaisia: valkolahottajia, joiden lahotustyö alkaa ligniinistä sekä ruskolahottajia, jotka aloittavat lahotustyön selluloosasta ja hemiselluloosasta.