Metsäkoneita ohjataan ja hallitaan tietokoneilla toimivien ohjausjärjestelmien avulla. Ne ovat konemerkkikohtaisia ja koostuvat erillisistä koneenohjauksen ja mittauksen osajärjestelmistä. Koneen PC:lle tai tiedonkeruulaitteelle voidaan asentaa käytössä olevat ulkoiset työmaatietojen hallinta- ja tiedonsiirtosovellukset, kuten WoodForce tai metsäyhtiön oma sovellus.
Ohjausjärjestelmien avulla metsäkoneiden toiminnot ovat joko automatisoituja tai koneenkuljettajalle mahdollisimman helposti käytettäviä. Ohjausjärjestelmät kattavat koneen ja hakkuulaitteen ohjauksen, mittausautomatiikan, tuotantotietojen tallennuksen ja raportoinnin, mittauksen tarkkuuden seurannan ja mittalaitteen kalibroinnin, tuotoksen ja polttoaineen kulutuksen seurannan, vikadiagnostiikan sekä työajan ja muut hallinnolliset raportoinnit. Hakkuukoneiden ohjausjärjestelmät ovat tietokantapohjaisia: ohjaustietokoneiden tiedot tallennetaan tietokantoihin, joista ne voidaan raportoida. Koneiden ohjaus- ja mittausjärjestelmät ovat CAN-väyliä käyttäviä ja liitetty toisiinsa lähiverkon avulla.